王允也不计较利害关系,他怀疑张让与黄巾军私通,便进一步追查,把其中的具体细节全部揭发出来,并且写成奏折上奏皇帝。汉灵帝大惊,立即召张让进宫,怒气冲冲地指责张让,并要他交待实际情况。张让一向在朝中自以为是,指手画脚,也没想到有谁敢在皇上面前揭露他,因此见到王允的奏章后吓得半死,急忙叩头谢罪。可张让是何等狡诈圆滑的人物,他在回答皇帝时,不仅不承认自己的罪行,反而说王允忌妒陷害他,说自己对陛下,对朝廷是如何如何忠心耿耿,没有丝毫与黄巾军私通和背叛朝廷之意。灵帝本就有意偏袒张让,加上被张让的花言巧语所迷惑,自认为他无罪,也便不再追究。

张让脱罪后,对王允心怀忿恨,一心想伺机打击报复王允。第二年,张让终于找到一个借口,将王允逮捕下狱。不久,正好赶上朝廷大赦,王允免罪释放,还复刺史原职。可是,睚眦必报的张让并没就此罢休,没出十天,他又以另一个“莫须有”的罪名将王允治罪,王允再度入狱。

司徒杨赐素知王允的为人和品性,知道张让是有意想置王允于死地,为了替王允开罪,让他免受痛苦和屈辱,杨赐派手下人劝告王允说:“你因事得罪宦官张让,一月之内,两次下狱,很明显他是有意和你过不去。如今你是凶多吉少,性命都难保。为了成就自己的志向,你又何必不先退让一下,忍一忍呢?大丈夫能屈能伸,如果只一味好强。恐怕他不会放过你,请你仔细思量思量吧！”

王允手下的从事也对王允的再次入狱深感忧虑,他们想方设法营救王允。有一名好斗气的下属去狱中探望王允时,痛哭流涕,劝王允向张让认错赔罪。求他网开一面,被王允怒斥拒绝。下属找来一杯酒,气愤地对王允说:“你既然如此保全自己,不如喝下这杯毒酒算了,又何必还在狱中受别人的折磨呢?”

可是,出乎下属的意料。王允一把夺过酒杯,厉声说道:“我是堂堂天子的臣民,君王赐罪于我,我应当接受惩罚,按照王法在街头斩首示众,而且天下人都应以我为戒。不再违反法律,维护社会的安定,哪有私自吞喝毒药,以死逃避法律制裁的道理?你们不用再劝我了,我意已决”说完,便把酒泼倒在地上,自己走近囚车。又重新被关进监狱。

由于王允一直又没有向张让赔罪认错,张让又进一步渲染他的所谓的罪行情节。不久,王允的案件被提审,王允的手下官员和朋友以及朝中许多官员都十分着急,想制止张让对王允的陷害。大将军何进、太尉袁隗,司徒杨赐联名向皇帝上书,替王允求情,希望皇上能够赦免王允。他们在奏章中写道:王允严于律己,宽以待人,为官尽忠尽诚。宽宏贤能,具有君子的风范和气节。过去晋悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非,赦免大臣的罪行,陛下就不能仿效吗?如此王允受命于朝廷,诛讨逆贼。安抚良民,本应论功行赏,加官进爵;难道就因如此微不足道的小事情,就定他死罪吗?陛下如此不公平地给予他处罚,恐怕有负众望,百官有所不服吧。”

灵帝刘宏看完奏章后,便赦免了王允的死罪,但仍下狱重新定罪。这年冬天,又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗,王允仍不在赦免之列。何进、袁隗、杨赐等三公要员继续上书皇上,要求赦免王允。等到第二年,王允才被免罪释放。当时,朝中宦官当权,张让阉党凭借权势横行霸道,为所欲为。刚刚出狱的王允虽对张让等人的行径深恶痛绝,但因力量有限,只得改名换姓,离开都城洛阳,辗转于河内、陈留之间。

不久灵帝驾崩,王允急忙赶赴洛阳吊丧。此时,朝廷局势极度混乱,以何进为首的外戚势力大增,阉党张让失去了对中央政权的控制权,面临覆灭的危险。大将军何进利用各地方官吏奔丧的机会,大肆结交和拉拢亲己势力,以谋张让。王允一到洛阳,就被何进紧急召见,并说明意图。

王允很感激何进对他的救命之恩,便满口答应,并担任从事从郎一职。后来情况发生急变,张让集结党羽,用何太后召见何进的名义把何进骗入宫中,趁机伏杀。王允不得不迁任河南尹,暂时逃避张让的嚣张气焰。张让伏杀何进后,曾奉密召的董卓、袁术等人立即领兵进京,讨杀张让。张让、段挂等人挟持少帝刘辩和陈留王刘协半夜出逃。当时,朝中公卿大夫被急变的局势吓得不知所措,他们都不敢护卫少帝。王允立即派遣一部分士兵跟随尚书卢植一起保护少帝,事后,又奉迎少帝回宫。

公元189年,董卓废掉少帝,献帝刘协继位,王允被拜为太仆,不久迁任尚书令。公元190年,王允替代杨彪担任司徒职务,同时兼任尚书令。而杨彪则转任太尉一职。作为位列三公的司徒,王允的权力应该是很大的,但自从董卓入主以来他这司徒之职实际上是被架空了,丞相之职完全归于董卓,虽然如此王允的在朝中的影响力仍然很大,当即他出面既得到了一大批朝中大臣的拥护。

董卓这次加冕受到了朝中很多大臣的反对,而且这些大臣皆是位高权重的重量级人物,董卓虽然把控军政大权,擅行杀伐大权,不过这么多大臣一致出来反对,董卓就不能妄动了,毕竟人太多了,总不能把满朝的大臣全都杀光吧?何况这些大臣在朝中还是有些相当的影响力的。